Laboratorium di Fakultas Pertanian Unsoed terdiri atas laboratorium dalam gedung dan laboratorium lapangan. Kinerja laboratorium pada umumnya sangat baik dalam menunjang pembelajaran dan penelitian bahkan di antaranya merupakan dalam menunjang pembelajaran dan penelitian bahkan di antaranya merupakan laboratorium rujukan bagi pemerintah.
Berdasarkan Peraturan Rektor No. 7 Tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Fakultas Pertanian, Laboratorium di Fakultas Pertanian Unsoed adalah sebagai berikut:
- Laboratorium Agronomi dan Hortikultura
- Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Bioteknologi
- Laboratorium Tanah / Sumber Daya Lahan
- Laboratorium Perlindungan Tanaman
- Laboratorium Agroekologi
- Laboratorium Pemasaran Agribisnis
- Laboratorium Pengembangan Agribisnis
- Laboratorium Teknologi Pengolahan
- Laboratorium Manajemen Agroindustri
- Laboratorium Pangan dan Gizi
- Laboratorium Alat dan Mesin Pertanian
- Laboratorium Pengolahan dan Pengendalian Bio-Lingkungan
- Laboratorium Pengolahan Pangan dan Hasil Pertanian
- Laboratorium Teknik Sistem Termal dan Energi Terbarukan
- Laboratorium Teknik Informasi dan Industri Pertanian
- Kebun Percobaan (experimental farming)
Selain untuk menunjang kegiatan pembelajaran, laboratorium tersebut juga melayani jasa analisis dan pembuatan produk tertentu sebagai sumber RGU (revenue generating unit) antara lain:
- Analisis tanah dan pemetaan lahan (Laboratorium Ilmu Tanah Dasar, Fisika dan Konservasi Lahan, Kimia dan kesuburan Tanah, dan Pedologi dan Pemetaan Lahan)
- Rancang bangun dan pembuatan alat/mesin pertanian (Laboratorium Mekanisasi pertanian)
- Identifikasi hama dan peyakit tanaman (Laboratorium Hama, Nematologi, dan Penyakit Tumbuhan)
- Penyiapan isolat mikroba patogen dan antagonis (Laboratorium Penyakit Tumbuhan dan Mikrobiologi)
- Konsultan hama dan penyakit tanaman (Laboratorium Hama, Nematologi, dan Penyakit Tumbuhan)
- Analisis pangan dan hasil pertanian (Laboratorium Pangan dan Gizi)
- Penyediaan benih/bibit unggul (Laboratorium Teknologi Benih, Pemuliaan Tanaman dan Hortikultura)
- Wirausahaa agribisnis, perencanaan, dan pengambilan kebijakan di bidang agribisnis (Laboratorium Perencanaan Pengembangan Sumberdaya dan Agribisnis)
- Pendampingan usaha tani dan pemasaran produk pertanian (Laboratorium Perencanaan Pengembangan Sumberdaya dan Agribisnis), dll.